Линейные цепи с квадратичным взаимодействием для моделирования структуры и динамики хроматина

Дмитрий Лукашевич (ВМК МГУ)
Thursday, 04 March 2021
17:00
ауд. 408 Moscow center for continuous mathematical education

В этой работы мы рассматривали линейные гауссовы цепи с квадратичным взаимодействием при условии, что константы взаимодействия пары мономеров зависят только от расстояния вдоль по цепи.
Были исследованы следующие конкретные вопросы структуры и динамики таких цепей:
- отличия в спектральных свойствах линейных и кольцевых цепей и аппроксимация собственных функций линейных цепей тригонометрическими функциями;
- форма края спектра для линейной цепи и ее аппроксимация;
- свойства линейных цепей со взаимодействием, эмулирующим топологическое притяжение в расплаве: связанность в цепь + слабое притяжение для звеньев, удаленных друг от друга по цепи более, чем на некоторое N_e;
- подбор параметров взаимодействия, позволяющих воспроизвести экспериментально наблюдаемые характеристики хроматина;
- динамические корреляционные функции для раузовской динамики таких цепей.
Кроме того, в процессе работы написаны программы, позволяющие быстро генерировать конформации динамические траектории для таких цепей.